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农业合作社如何纳税
增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13%的扣除率计算抵扣增值税进项税额。这里明确购进的是农民专业合作社的免税农业产品，其他农业产品或商品则必须按照现行政策规定计算抵扣。因此，对农民专业合作社销售给增值税一般纳税人的其他农业产品则要考虑税收问题。
税务处理方面主要是根据财税〔2008〕81号《财政部 国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》的规定进行处理，在国税机关办理税务登记及相关事宜。具体情况介绍：增值税。
增值税。财政部、国家税务总局《关于农民专业合作社税收政策的通知》（财税发81号）规定，农民专业合作社销售其成员生产的农产品，视同销售农产品。不含增值税的农业生产者生产的，普通增值税纳税义务人从农民专业合作社购进的免税农产品，减按13%计算。
法律主观：合作社的税收优惠政策有在印花税方面，对农民专业合作社与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同免征印花税。在增值税方面，对农业生产者销售的自产农业产品免征增值税；对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品，免征增值税。
按照您的描述，确实需要公司和合作社分开申报。合作社已经实施了营改增政策，增值税是必须申报的项目，营业税则不再需要。对于一般纳税人，增值税需要按月申报，所得税则按季度申报。而对于小规模纳税人，增值税按季度申报即可。
首先是税收方面积极财政部、出台了相关政策。一是 销售成员的产品视同农户 ；二是 从 购买产品可以按照13%进行进项税抵扣；三是 向成员提供农资免征增值税；四是合作社与成员签定的产品 ，免征 。第二，在项目方面，合作社可作为 主体单位。第三，各地每年都安排一定数量的财政扶持资金。
The End